Philippe Martin a présenté les grandes lignes du projet de loi sur la biodiversité le 26 mars 2014 et notamment l'un des projets phare du texte : la création d'une Agence Française pour la Biodiversité (AFB).
Cette structure a comme objectif la protection et la promotion de la biodiversité, suivant le modèle de l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie (Ademe). Cette agence se veut un interlocuteur de référence pour les acteurs de la biodiversité (associations, collectivités, entreprises...) et contribuera à accroître la connaissance et à en faciliter l'accès. Ses missions seront définitivement précisées dans les mois qui viennent (le texte sera soumis à l'Assemblée fin juin), le ministre en a dessiné les contours globaux : « L'AFB aura vocation à apporter son appui à la gestion des espaces naturels, à agir sur la scène internationale, à renforcer la recherche, à renforcer les connaissance, et au-delà, à former des professionnels et communiquer auprès du grand public. »
L'AFB sera constituée de structures existantes et réunira l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA), dont elle poursuivra les missions actuelles, l'Atelier technique des espaces naturels, l'Agence des aires marines protégées et l'établissement public Parcs nationaux de France. Elle s'appuiera également sur d'autres structures existantes : certaines y seront rattachées tout en gardant leur personnalité morale, tels que les établissements publics des parcs nationaux. D'autres, comme le Muséum d'histoire naturelle, verront créée une unité commune d'expertise avec l'AFB. Enfin, un lien direct sera entretenus avec les têtes de réseaux d'organismes agissant dans le domaine de la biodiversité (Réserves naturelles de France, Fédération des parcs naturels régionaux, Fédération des conservatoires botaniques nationaux, Fédération des conservatoires d'espaces naturels…).
L'Agence française de la biodiversité signera en outre des conventions avec l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS), l'Office national des forêts (ONF), l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (Ifremer), le Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres, la Fondation pour la recherche pour la biodiversité.
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