L’endettement est la conséquence directe des plans d'investissement lancés à crédit par les gouvernements précédents – « Hôpital 2007 » et « Hôpital 2012 ». Le gouvernement a rompu avec cette approche qui a conduit à un emballement de la dette des établissements publics de santé. A cette fin il a mis en oeuvre : un processus de sélection des projets d'investissement pour s'assurer de la qualité des projets, de leur bon dimensionnement et de leur soutenabilité financière pour les établissements concernés ; un rythme d'investissement régulier et soutenable d’environ 4,5 Mds € par an, compatible avec la capacité d'autofinancement du secteur et la trajectoire de dépenses d'assurance maladie. « Notre conception même des investissements doit évoluer. Il faut les rendre cohérents à l'échelle d'un territoire » (M. Touraine, 28/05/13).
S'agissant des difficultés financières que rencontrent certains hôpitaux, il convient de rappeler que 2/3 des hôpitaux sont à l'équilibre ou connaissent des excédents. Les difficultés principales sont concentrées sur un petit nombre d'établissements, qui font l'objet d'un accompagnement attentif, de la part des services de l'Etat en région comme de la part des services des ministères de la Santé et de l'Economie – un comité interministériel a été installé en décembre 2012 pour piloter le redressement de ces établissements.
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