Dans un rapport sur l'entretien du réseau ferroviaire, la Cour des comptes met le doigt sur la complexité des relations conventionnelles entre Réseau Ferré de France (RFF), gestionnaire du réseau et la SNCF responsable de l'entretien des voies. En charge de l'infrastructure, RFF délègue par exemple une majeure partie de ses opérations à la SNCF, qui "devient ainsi gestionnaire d'infrastructure délégué". Ce qui entraîne de façon récurrente des tensions entre les deux structures et a pour effet une dérive des coûts d’entretien. Deux logiques s’opposent, l'une de programmation industrielle de long terme pour RFF, et une de terrain dictée par les aléas de chantier pour la SNCF.
La Cour des comptes « regrette qu'il ait fallu attendre près de quatorze ans après la réforme du système ferroviaire pour que s'instaure ce début de réflexion commune sur des questions aussi essentielles pour une bonne gestion de la maintenance ». Son rapport revient, en outre, sur le niveau de vieillissement du réseau et sur d'importants besoins de rénovation qui vont émerger dès 2014 sur des lignes à grande vitesse. Or, l'impasse est financière : depuis 2006, l'effort de rénovation du réseau par RFF n'est plus supporté par les ressources de l'entreprise mais par un recours croissant à l'endettement.
La Cour estime que "sans diminution de la taille du réseau, sa maintenance sera confrontée à la poursuite d'un inéluctable renchérissement des coûts". Et ce malgré l'aide apportée par l'Agence de financement des infrastructures de transport de France (Afitf) et par les collectivités locales.
Pour la Région Auvergne, c’est en 2012, un budget 97 millions d’€ pour l’exploitation des transports d’intérêt régional (TER), 3 millions pour les pôles intermodaux et les gares, 18 millions pour les infrastructures ferroviaires (contrat de projet Etat-Région 2007-2013, Plan Rail 2009-2013).
Dans ses recommandations, la Cour des comptes suggère en effet de concentrer les moyens financiers sur la préservation du réseau existant par rapport aux projets de développement et de hiérarchiser les lignes ferroviaires du réseau secondaire "par ordre d'utilité décroissante" ce qui permettrait à l'Etat, "en relation avec les collectivités concernées, d'engager un programme de substitution des lignes les moins fréquentées par des liaisons en autocar".